San Pedro de Atacama possui clima desértico ou planalto, destacando-se pela grande oscilação térmica entre dia e noite. 
A temperatura anual em San Pedro de Atacama varia de 1ºC a 27ºC, e essa oscilação pode ocorrer no mesmo dia.  
No verão de novembro a março, a temperatura máxima média é de 25 ° C e a mÃnima média é de 9 ° C. Lembramos que isso é uma média, então às 5 da manhã eles podem fazer 0ºC ou menos.  
O inverno é de maio a agosto, onde a média máxima é de 21ºC e a média mÃnima em torno de 0ºC